Depois do sucesso do
Turtles II - The Arcade Game para o Nintendinho/Famicom, a Konami resolveu criar uma sequência para ainda o NES, mesmo já com o Super Nintendo no mercado, em meados de 1992. Com uma jogabilidade semelhante ao anterior, foi criado o 3o jogo das Tartarugas Ninjas para o console de 8 bits da Nintendo: o Turtles III - The Manhattan Project.